Die ältesten Objekte des Museums für Völkerkunde, die sich teilweise schon zu kleinen Sammlungen fügten, stammen aus der 1560 von Kurfürst August von Sachsen gegründeten Kunstkammer. Die fürstliche Sammeltätigkeit wurde im 16. und 17. Jahrhundert intensiv fortgeführt. Der anwachsende Objektbestand fand neben der Kunstkammer auch in den Rüstkammern Aufnahme. In sogenannten Inventarien wurden diese Sammlungen erfasst und beschrieben. Vor allem unter August dem Starken, seit 1794 König von Polen, ist in den nunmehr königlichen Sammlungen ein enormer Zuwachs an Ethnographica zu verzeichnen.
1875 gründete der Mediziner Hofrat Adolf Bernhard Meyer im Zuge der fortschreitenden Differenzierung von Natur- und Geisteswissenschaften eine ethnographische Abteilung im Naturhistorischen Museum. Drei Jahre später erhielt es den Namen Königliches Zoologisches und Anthropologisch-Ethnographisches Museum. Seine Arbeitsräume und Schausammlungen befanden sich zu diesem Zeitpunkt im Dresdner Zwinger.
Als Mitglied der "Gesellschaft der deutschen Naturforscher und Ärzte" war Meyer, der in regem Austausch mit anderen Universalgelehrten seiner Zeit wie etwa Rudolf Virchow oder Adolf Bastian stand, ganz der Wissenschaft verpflichtet. Unter seiner Leitung entwickelte sich das neugegründete Museum zu einer fachwissenschaftlichen Institution, gewidmet der Forschung und Bildung. Im Mittelpunkt des wissenschaftliche Interesses standen damals materielle Zeugnisse von Völkern und Regionen, in denen man – geprägt vom damals fortschrittlichen Evolutionismus – einen Urzustand der Menschheitsentwicklung zu erkennen glaubte. Hauptforschungs- und Sammelgebiet war in dieser Zeit der indonesisch-ozeanische Raum. Meyer gelang es, zahlreiche Förderer für das Museum zu gewinnen. Allen voran ist Arthur Baessler zu nennen, der die Sammlungen um mehr als 5000 Objekte von heute unschätzbarem Wert bereicherte.
Oberstes Ziel des zweiten Direktors Arnold Jacobi war es, alle Sammlungsbereiche mit Fachspezialisten zu besetzen. Die damit am Museum tätigen Zoologen, Anthropologen und Ethnologen übernahmen parallel zu ihrer Museumsarbeit Lehraufträge an sächsischen Akademien. Der dadurch gegebene permanente Austausch von Sammlung, Forschung und Lehre garantierte eine hohe Qualität und Aktualität bei wissenschaftlichen Publikationen sowie wissenschaftlich fundiertes Vorgehen bei der Erweiterung der Sammlungen und deren Dokumentation.
In der Zeit des Dritten Reiches, die zur fast vollständigen Zerstörung von Teilen Dresdens führte, konnten die Museumsbestände dank günstiger Umstände rechtzeitig ausgelagert werden. Einzig die in einer Ausstellung in der Orangerie „An der Herzogin Garten“ befindlichen Objekte, zu denen leider bedeutende Großobjekte gehörten, wurden zerstört. Auch der Verlust von Teilen der historischen Bildsammlung muss beklagt werden. Bereits 1946 konnten die ausgelagerten Bestände den nun getrennten Staatlichen Museen für Völkerkunde und für Tierkunde wieder zur Verfügung gestellte werden. Die anthropologische Sammlung wurde in die Bestände des Museums für Völkerkunde eingegliedert.
1954 bezog das Museum für Völkerkunde Räume im Japanische Palais.
Drei Jahre später stand dem Museum mit Siegfried Wolf wieder ein fachwissenschaftlicher Leiter vor. Unter seiner Leitung wurde vor allem die Afrikaforschung forciert sowie die ergologischen und technologischen Studiensammlungen mit weltweiten Belegen ergänzt. Die dominierenden Quellen des Sammlungsausbaus nach 1945 waren Privatsammlungen und der staatliche Handel. Daneben kamen aber auch Belege aus regionalen Studien hinzu. Das kulturpolitische Ziel dieser Zeit war nunmehr die historische Dokumentation des kulturellen Schaffens der Völker der Welt. Zu verstärkten Feldforschungen durch wissenschaftliche Mitarbeiter des Museums kam es nach 1989. So wurden u. a. Untersuchungen und Objektankäufe in Tunesien, Brasilien, Indonesien und Papua-Neuguinea vorgenommen.

Gegenwärtig umfasst die ethnographische Sammlung ca. 90.000 Objekte, welche seit 1881 in Katalogen und regionalen Karteien erfasst und dokumentiert werden. 1999 wurde für die Sammlungen ein modernes Depot- und Funktionsgebäude, der A. B. Meyer-Bau, in Dresden-Klotzsche errichtet.
Auf Beschluss des Sächsischen Staatsministeriums für Wissenschaft und Kunst fusionierten im Jahr 2004 das Völkerkundemuseum zu Leipzig und das Staatliche Museum für Völkerkunde Dresden mit der Außenstelle Völkerkundemuseum Herrnhut zu den Staatlichen Ethnographischen Sammlungen Sachsen unter Leitung des Ethnologen und Amerikanisten Claus Deimel.